成功破获了河神案的宋慈赢得了通古县百姓的尊敬，县衙众人也对其五体投地任其驱使，皇上听说此事后也十分欣喜，见通古县山清水秀，便想来此避暑，也想亲耳听宋慈描述一下是如何破获此案的。可是正在此时，命案再次发生。城内大户于员外的公子，死在了城郊，宋慈韩放一行赶到时发现于公子躺在地上，旁边还有一匹马。
正当韩放要上前查看时，于员外及其家眷赶来大声嚎啕到，言语中透露着于公子所骑的那匹马是一匹烈马，他是坠马而死。宋慈看了一下现场后发现马蹄印间距很小，所以当时马并不是在飞奔，而是被牵到此处的。检查尸体后发现于公子身上确实有多起外伤，但都不是致命伤。宋慈提议将尸体带回县衙让仵作检查却遭到于员外痛斥，于家一行人强行将尸体带回。
回到县衙后的宋慈思索着此时，发现疑点重重，于是决定前去于府。等到了于府之后发现。回家之后短短一个时辰之内于员外便将于公子草草埋葬，并且连灵堂都没设，这种不符合常理的行为更加让宋慈起疑，于员外一定在隐瞒着什么。在调查中，宋慈得知，于公子经常去城中西月楼听戏，与一名叫紫鸢的姑娘交好，而这个紫鸢却被于员外赎身，并将在八月十八日成为于员外的小妾！宋慈觉得于员外有重大嫌疑，于是便让韩放日夜监视于府动向，自己去寻找线索。韩放在于府外守了一夜，到天亮时依然大门紧闭，韩放偷偷翻墙进去发现于府中竟然空无一人，一夜之间于府上上下下几十号人竟然离奇失踪！并且他们全都变成了草人！韩放赶紧回去汇报。
宋慈来到于府后看到眼前的景象大吃一惊，几番检查后，除了于府祠堂怪异的陈设外没有发现一丝线索。于是命令捕快看守于府，不准任何人进出。
第二日，还在睡梦中的宋慈被一阵敲门声惊醒，韩放慌张的告诉宋慈，昨夜负责看守的捕快也不见了！并且也变成了两个草人站在于府门外。宋慈一时无措，下令任何人不准靠近于府，可就在当晚，通古县发生了更可怕的事情！西月楼发生命案，紫鸢被杀死在房中，而杀人的竟然是一个草人，更可怕的是草人身上还穿着于公子死去当天穿的那件衣服。于是大家纷纷相传于员外和紫鸢勾结杀死于公子，而于公子变成草人前来索命。一时间通古县人心惶惶，人人自危。
与此同时，消息传到京师，于员外同宗，宣化知府于广利在皇上面前痛斥宋慈办事不利，主动请缨前去探查此案。皇帝允诺，但令二人务必在皇帝出巡前侦破此案，于广利来到后便独断专行，架空宋慈，由于于广利是宋慈顶头上司，宋慈敢怒不敢言。于广利来到通古县后，下令进入于府搜索，其业余的破案手段不但破坏了现场，还打乱了宋慈的计划，宋慈一时间苦不堪言。县衙内唯一能帮助的宋慈的只有韩放了，二人只能趁于广利不在的时候偷偷调查。韩放告诉宋慈于府失踪当晚他并没有看到有人进出，也没听到什么异常的声音，而且昨晚的打更人也没发现异常，宋慈从不相信鬼神之说，也不相信于府中的人可以凭空消失，更不相信是于公子还魂变成草人前来讨债，于是二人趁人不备潜入于府查看。
宋慈仔细的检查着于府的每一处，果然发现一个地道，两人钻进地道走了很久后却发现地道的出口已被堵死，宋慈扯下衣襟咬破手指，一边原路返回一边用手指在衣襟上画着。走出地道后宋慈按照自己所画的路线走着，果然找到了被堵死的洞口，并在洞口处发现些许稻草和马粪，看到这一切宋慈突然想到了什么，匆忙来到西月楼找到班主，班主告知，于公子死亡当天来过这里听戏，中途有两个人来找到，他们聊了一会之后于公子便和他们走了。宋慈来到于公子当初坐过的地方，猛地把桌子掀起，只见桌底用血写着一个“旦”字，宋慈百思不得其解。
此时皇上已到通古县，在得到案情丝毫没有进展的消息后龙颜大怒，命宋慈三日内必须找到凶手。回到房间后宋慈努力回忆着这几天发生的事和一些细节，而旁边的韩放一句话引起了宋慈的注意，宋慈突然想到第二次去于府时感觉不对劲，宋慈再次动身前往于府查看，果然，和第一次相比，于府少了一样东西，而拿走这个东西的人就是于广利。
于是宋慈托人在京城调查于家一族，最终发现于家之前竟是朝中大员。这样一来，宋慈终于明白之前看到祠堂怪异的陈设是想在表达什么，以及密道口的马粪和“旦”字所表达的意思，也终于明白了这起案件，以及之前的河神案，原来老县令制造河神案并不是为了自己的孙子，那只是个幌子，真正的原因是不想让百姓过河，因为在河的那边隐藏着一个巨大的阴谋，目标直指皇上。